Геологический музей Лицея был основан более 30 лет назад, еще школе № 20 учителями географии Черкаускене Лидией Павловной и Паневой Еленой Ивановной. Большую часть экспозиции занимает сектор, посвященный минералогии и петрографии. Здесь собрана богатая коллекция пород, руд, минералов, которые собирались руководителями музея и учениками многие годы - выигрывались на олимпиадах, принимались в дар, собирались во время экспедиций. Всего коллекция музея содержит более 450 образцов.
Отдельные стенды посвящены полезным ископаемым Красноярского края и поделочным камням Сибири. В секторе, посвященном палеонтологическим находкам, находятся древние окаменелости, найденные не только на просторах нашего огромного края, но и всей России.
В стенах музея регулярно проходят мероприятия «Чудеса науки», «Угадай минерал», направленные на расширение научного кругозора учащихся Лицея. Здесь протекает бурный процесс обмена информацией и передача практического опыта от «старшего поколения геологов» Лицея юным первопроходцам, проводятся экскурсии для учащихся начальных классов.
В рамках работы геологического музея реализуется программа дополнительного образования «Юный геолог» для учащихся 5-11 классов. На занятиях ребята знакомятся с основами общей геологии, петрографии, минералогии, палеонтологии. Приобретают опыт определения минералов и горных пород по внешним признакам, ископаемых остатков, их возраст, учатся пользоваться геологическими картами, определять азимут по геологическому компасу, строить геологические разрезы.
За более чем 30-летнюю историю юные геологи Лицея становились победителями самых престижных геологических олимпиад: Всероссийской геологической олимпиады, Всероссийской полевой олимпиады юных геологов. За последние годы ученики, занимающиеся в геологическом клубе, неоднократно побеждали и становились призерами районных НПК по географии, победителями IV городской конференция по географии, дипломантами II, III степени краевой геологической олимпиады, Сибирской геологической олимпиады, награждены дипломами I и II степени на Всероссийском конкурсе научных работ «Алхимия будущего».